sekwencjonowanie NGS
Sekwencjonowanie NGS (Next Generation Sequencing) to zaawansowana technologia umożliwiająca równoległe odczytywanie milionów fragmentów DNA w jednym badaniu. Metoda ta zrewolucjonizowała diagnostykę molekularną, umożliwiając masową analizę genomu przy relatywnie niskich kosztach w porównaniu do tradycyjnego sekwencjonowania metodą Sangera.
Technologia NGS znajduje zastosowanie w wielu dziedzinach medycyny, m.in. w diagnostyce chorób genetycznych, onkologii (identyfikacja mutacji nowotworowych), mikrobiologii (identyfikacja patogenów), farmakogenetyce oraz medycynie spersonalizowanej. Metoda ta umożliwia zarówno sekwencjonowanie całego genomu (WGS), jak i wybranych regionów – eksomów (WES) lub paneli genów.
W onkologii NGS umożliwia wykrywanie biomarkerów predykcyjnych i prognostycznych, co pozwala na dobór terapii celowanej. W diagnostyce chorób rzadkich sekwencjonowanie eksomowe znacząco zwiększa wykrywalność mutacji odpowiedzialnych za schorzenia genetyczne. Coraz częściej technologia ta jest również wykorzystywana w badaniach prenatalnych oraz w monitorowaniu minimalnej choroby resztkowej.
Interpretacja wyników NGS wymaga zaawansowanych narzędzi bioinformatycznych oraz wiedzy z zakresu genetyki klinicznej. Pomimo dynamicznego rozwoju, implementacja sekwencjonowania NGS w codziennej praktyce klinicznej nadal stanowi wyzwanie związane z standaryzacją metod analitycznych oraz interpretacją wariantów o nieznanym znaczeniu klinicznym (VUS).
Powiązane wpisy
- Leksykon chorób i schorzeń
Zespół klippela-trenaunaya – Diagnostyka i diagnoza
Zespół Klippela-Trenaunaya (KTS) to rzadkie wrodzone zaburzenie naczyniowe charakteryzujące się triadą objawów: naczyniakami płaskimi typu „port wine”, malformacjami żylnymi (żylakami) oraz przerostem kości i tkanek miękkich, najczęściej kończyn. Diagnostyka opiera się na badaniu klinicznym, ultrasonografii Dopplerowskiej, rezonansie magnetycznym (MRI/MRA) oraz tomografii komputerowej (CT), które pozwalają na ocenę rozległości zmian naczyniowych i kostnych. W diagnostyce różnicowej należy uwzględnić m.in. zespół Parkesa-Webera, CLOVES oraz inne zaburzenia z grupy PROS. Badania genetyczne, w tym sekwencjonowanie NGS, umożliwiają identyfikację mutacji aktywujących w genie PIK3CA, które są najczęstszą przyczyną KTS, choć diagnoza pozostaje przede wszystkim kliniczna. Wczesne rozpoznanie, także prenatalne (od 15-20 tygodnia ciąży), jest kluczowe dla planowania leczenia i monitorowania powikłań, zwłaszcza zakrzepowo-zatorowych.
angiografia rezonansu magnetycznego, angiografia tomografii komputerowej, badanie dopplerowskie, badanie koagulologiczne, diagnostyka prenatalna, krwawienie z przewodu pokarmowego, krwiomocz, limfoscyntygrafia, malformacja naczyń włosowatych, malformacja żylna, mutacja PIK3CA, naczyniak płaski, nieprawidłowość żylna, niewydolność żylna, obrzęk limfatyczny, powikłanie zakrzepowo-zatorowe, przetoka tętniczo-żylna, rezonans magnetyczny, sekwencjonowanie NGS, tomografia komputerowa, ultrasonografia dopplerowska, wenografia kontrastowa, zespół Klippela-Trenaunaya, zespół Parkesa-Webera, zespół Proteusza, zespół Sturge’a-Webera, żyła brzeżna Servelle’a - Leksykon chorób i schorzeń
Brodawczakowłókniak kosmówkowy – Patofizjologia i mechanizm
Brodawczakowłókniak kosmówkowy (DFSP) to rzadki, złośliwy nowotwór skóry właściwej charakteryzujący się agresywnym miejscowym wzrostem i niskim potencjałem przerzutowym. Kluczowym mechanizmem patogenetycznym jest translokacja t(17;22)(q22;q13) obecna w ponad 90% przypadków, prowadząca do powstania genu fuzyjnego COL1A1-PDGFB. Ta fuzja skutkuje nadekspresją PDGFB, która aktywuje receptor PDGFRB o aktywności kinazy tyrozynowej, uruchamiając szlaki sygnałowe RAS-MAPK, PI3K-AKT-mTOR oraz STAT, odpowiedzialne za proliferację, różnicowanie i przeżycie komórek nowotworowych. Wariant fibrosarkomatyczny DFSP (5-20% przypadków) cechuje się nasilonymi zmianami genetycznymi, w tym amplifikacją genu fuzyjnego i silniejszą ekspresją PDGFB, co koreluje z bardziej agresywnym przebiegiem klinicznym oraz obniżoną ekspresją CD34, utrudniającą diagnostykę.
aberracja chromosomowa, chromosom pierścieniowy, dermatofibrosarcoma protuberans, FISH, gen fuzyjny, hybrydyzacja in situ, imatynib, immunoterapia, inhibitor kinazy tyrozynowej, kinaza tyrozynowa, nowotwór tkanki miękkiej, potencjał przerzutowy, RT-PCR, sekwencjonowanie NGS, szczepienie BCG, szlak PI3K/AKT/mTOR, szlak RAS/MAPK, terapia celowana, translokacja chromosomowa, trisomia chromosomowa - Leksykon chorób i schorzeń
Niedobór odporności pierwotny – Diagnostyka i diagnoza
Niedobór odporności pierwotny (PID) to heterogenna grupa ponad 550 chorób genetycznych charakteryzujących się defektami układu odpornościowego, prowadzącymi do nawracających, przewlekłych lub ciężkich infekcji oraz zaburzeń autoimmunologicznych. Wczesne rozpoznanie jest kluczowe, jednak 70-90% pacjentów pozostaje niezdiagnozowanych, a średni czas do diagnozy wynosi od 2,7 do 15 lat. Diagnostyka obejmuje szczegółowy wywiad, badania podstawowe (morfologia krwi, stężenia immunoglobulin IgG, IgA, IgM, IgE), ocenę odpowiedzi na szczepienia oraz zaawansowane testy immunologiczne (cytometria przepływowa limfocytów B i T, testy funkcjonalne). Niedobory humoralne i komórkowe wymagają oceny podklas IgG, subpopulacji limfocytów T (CD4+, CD8+, CD25+, CD69+) oraz funkcji neutrofili, a także badania aktywności dopełniacza (CH50). Diagnostyka genetyczna, w tym sekwencjonowanie paneli genów PID, WES i WGS, jest niezbędna do potwierdzenia rozpoznania i wpływa na zmianę postępowania klinicznego u około 25-55% pacjentów.
biomarker, ciężki złożony niedobór odporności, cytometria przepływowa, diagnostyka genetyczna, diagnostyka prenatalna, dysfunkcja układu odpornościowego, immunolog kliniczny, krew płodu, morfologia krwi, nawracające infekcje, niedobór odporności humoralnej, niedobór odporności komórkowej, niedobór odporności pierwotny, odpowiedź immunologiczna, płyn owodniowy, podklasy IgG, powikłania immunologiczne, przewlekła choroba ziarniniakowa, sekwencjonowanie eksonu, sekwencjonowanie genomu, sekwencjonowanie NGS, subpopulacje limfocytów T, zaburzenia autoimmunologiczne - Leksykon chorób i schorzeń
Ostra białaczka szpikowa – Diagnostyka i diagnoza
Ostra białaczka szpikowa (AML) to agresywna choroba hematologiczna charakteryzująca się niekontrolowanym namnażaniem blastów szpikowych. Diagnostyka AML opiera się na ocenie klinicznej, morfologii krwi obwodowej (obecność blastów, niedokrwistość, małopłytkowość), badaniu szpiku kostnego (aspiracja i biopsja) z potwierdzeniem ≥20% blastów lub ≥10% w przypadku specyficznych aberracji genetycznych (np. t(8;21), inv(16), t(15;17)). Diagnostyka uzupełniona jest badaniami cytochemicznymi (barwienia na mieloperoksydazę, Sudan Black, nieswoistą esterazę), immunofenotypowaniem cytometrycznym oraz analizą cytogenetyczną (kariotyp, FISH) i molekularną (PCR, RT-PCR, NGS). Kluczowe mutacje genowe to m.in. NPM1, FLT3, CEBPA, RUNX1, które mają znaczenie prognostyczne i terapeutyczne. Klasyfikacja WHO (WHO-HAEM5, 2022) oraz Międzynarodowa Klasyfikacja Konsensualna (ICC) uwzględniają cechy morfologiczne i genetyczne, co umożliwia precyzyjną stratifikację pacjentów.
aberracje chromosomowe, analiza kariotypu, anemia, aspiracja szpiku, badanie cytogenetyczne, białaczka OUN, biopsja szpiku, blasty, cytometria przepływowa, dehydrogenaza mleczanowa, echokardiogram, FISH, immunofenotypowanie, klasyfikacja WHO, komórki blastyczne, minimalna choroba resztkowa, morfologia krwi, mutacje genowe, objawy białaczki, ostra białaczka limfoblastyczna, ostra białaczka promielocytowa, ostra białaczka szpikowa, pałeczki Auera, PCR, płyn mózgowo-rdzeniowy, powiększenie węzłów chłonnych, punkcja lędźwiowa, remisja, rezonans magnetyczny, RT-PCR, sekwencjonowanie NGS, tomografia komputerowa, trombocytopenia, układ krzepnięcia - Leksykon chorób i schorzeń
Rak dróg żółciowych (cholangiocarcinoma) – Leczenie
Rak dróg żółciowych (cholangiocarcinoma) stanowi wyzwanie terapeutyczne ze względu na późne rozpoznanie i ograniczone możliwości chirurgicznego leczenia, które jest jedyną metodą dającą szansę na całkowite wyleczenie, dostępną u 10-33% pacjentów. Zabiegi chirurgiczne obejmują resekcję dróg żółciowych, częściową hepatektomię oraz procedurę Whipple’a, a w wybranych przypadkach przeszczep wątroby po leczeniu neoadjuwantowym. W leczeniu uzupełniającym stosuje się chemioterapię (np. gemcytabina z cisplatyną, kapecytabina) oraz radioterapię (EBRT, brachyterapia, techniki zaawansowane jak IMRT, SBRT, terapia protonowa). Terapie celowane (inhibitory FGFR2: pemigatinib, futibatinib; IDH1: iwozydenib; inhibitory TRK, RET, BRAF/MEK, KRAS G12C, HER2) oraz immunoterapia (inhibitory punktów kontrolnych: durwalumab, pembrolizumab) są stosowane w zaawansowanych przypadkach, po potwierdzeniu odpowiednich mutacji molekularnych. Lokoregionalne metody ablacyjne (RFA, krioablacja, IRE) i embolizacyjne (TACE, radioembolizacja) uzupełniają leczenie, zwłaszcza u pacjentów niekwalifikujących się do resekcji.
ablacja RFA, cholangiocarcinoma, drenaż przezskórny, durwalumab, gemcytabina, hepatektomia, IGRT, IMRT, leczenie adjuwantowe, neuroliza splotu trzewnego, pankreatoduodenektomia, pembrolizumab, pemigatinib, perihilar cholangiocarcinoma, profilowanie molekularne, resekcja dróg żółciowych, sekwencjonowanie NGS, stent dróg żółciowych, stentowanie dróg żółciowych, terapia CAR-T, terapia fotodynamiczna, terapia neoadjuwantowa, transplantacja wątroby, wyleczenie, zespół multidyscyplinarny