sekwencjonowanie egzomu
Sekwencjonowanie egzomu (ang. whole exome sequencing, WES) to zaawansowana technika diagnostyczna umożliwiająca analizę sekwencji kodujących białka części genomu (egzonu), które stanowią około 1-2% całego ludzkiego materiału genetycznego. Metoda ta pozwala na identyfikację wariantów genetycznych potencjalnie związanych z chorobami dziedzicznymi.
Technika ta opiera się na selektywnym wychwytywaniu regionów egzonowych z całego genomu, a następnie sekwencjonowaniu ich z wykorzystaniem technologii sekwencjonowania nowej generacji (NGS). Sekwencjonowanie egzomu jest szczególnie wartościowe w diagnostyce rzadkich chorób genetycznych, gdzie tradycyjne metody diagnostyczne nie przynoszą rezultatów.
W praktyce klinicznej sekwencjonowanie egzomu znajduje zastosowanie w diagnostyce chorób neurologicznych, rozwojowych, metabolicznych oraz w onkologii. Metoda ta umożliwia identyfikację mutacji punktowych, małych insercji i delecji, które mogą być przyczyną chorób monogenowych. Interpretacja wyników wymaga zaawansowanej analizy bioinformatycznej i doświadczenia klinicznego.
Ograniczenia sekwencjonowania egzomu obejmują niemożność wykrycia dużych rearanżacji chromosomowych, zmian w regionach niekodujących oraz niektórych typów mutacji strukturalnych. W takich przypadkach konieczne może być zastosowanie sekwencjonowania całego genomu (WGS) lub innych technik diagnostycznych.
Powiązane wpisy
- Leksykon chorób i schorzeń
Całkowite anomalousne powrotne żyły płucne – Etiologia i przyczyny
Całkowity anomalousny powrót żył płucnych (TAPVR) to rzadka, krytyczna wada wrodzona serca, charakteryzująca się nieprawidłowym połączeniem czterech żył płucnych z prawym przedsionkiem lub innymi naczyniami układu żylnego, zamiast z lewym przedsionkiem. W efekcie dochodzi do mieszania się krwi utlenowanej z odtlenowaną, co skutkuje hipoksemią. Występuje z częstością około 1:20 000 żywych urodzeń i stanowi 1-2% wszystkich wrodzonych wad serca. Etiologia TAPVR jest wieloczynnikowa, obejmująca zaburzenia embriologiczne w rozwoju żył płucnych w okresie 4-8 tygodnia ciąży, czynniki genetyczne (m.in. mutacje w genie PLXND1, dziedziczenie autosomalne dominujące z niepełną penetracją), a także wpływ czynników środowiskowych (ekspozycja na ołów, pestycydy, palenie tytoniu) oraz stanów matczynych (cukrzyca, otyłość, stosowanie leków teratogennych jak lit czy izotretynoina). TAPVR często współistnieje z innymi wadami serca, zwłaszcza z ubytkiem przegrody międzyprzedsionkowej (ASD), który jest niezbędny do przeżycia noworodków, umożliwiając przepływ krwi utlenowanej do krążenia systemowego.
ASD, asplenia, atrezja, choroba afektywna dwubiegunowa, cukrzyca ciążowa, czynnik genetyczny, dziedziczenie autosomalne dominujące, lewy przedsionek, niedotlenienie, nieprawidłowy rozwój serca, obrzęk płuc, otwór owalny, prawy przedsionek, sekwencjonowanie egzomu, sinica, TAPVR typ nadsercowy, TAPVR typ podsercowy, TAPVR typ sercowy, ubytek przegrody międzyprzedsionkowej, wrodzona wada serca, zatoka wieńcowa, zespół Downa, zespół heterotaksji, zespół Holta-Orama, zespół kociego oka, zespół Turnera, żyła główna dolna, żyła główna górna, żyła nieparzysta, żyła płucna, żyła wątrobowa, żyła wrotna - Leksykon chorób i schorzeń
Chłoniak t-komórkowy skóry – Patofizjologia i mechanizm
Chłoniak T-komórkowy skóry (CTCL) to heterogenna grupa pozawęzłowych chłoniaków nieziarniczych, charakteryzujących się klonalną ekspansją złośliwych limfocytów T CD4+ z opornością na apoptozę i profilowaniem cytokin Th2 (IL-4, IL-5, IL-13, IL-10, TGF-beta), co prowadzi do supresji odpowiedzi immunologicznej typu Th1. Patogeneza CTCL obejmuje liczne mutacje somatyczne (>50 mutacji) w genach regulujących szlaki sygnałowe JAK/STAT, TCR-PLCG1-NFAT, RAS-MAPK oraz epigenetyczne zmiany, w tym hipermetylację genów supresorowych nowotworów i dysregulację ncRNA (np. miR-155, miR-21, miR-106b). Konstytutywna fosforylacja STAT3 i nadekspresja onkogennych miRNA sprzyjają proliferacji i oporności na leczenie, w tym na inhibitory HDAC. W CTCL obserwuje się także neoangiogenezę indukowaną przez VEGF, bFGF i inne czynniki, co wspiera progresję choroby. Zmiany cytogenetyczne, takie jak utrata chromatyny w chromosomach 6q, 10q, 13q oraz przyrosty w 7 i 8q, korelują z gorszym rokowaniem i nasileniem choroby. Wczesne stadia MF cechuje ograniczone zajęcie skóry i korzystne rokowanie, jednak 20-30% przypadków przechodzi w postać agresywną z erytrodermią i guzami.
acetylacja histonów, aktywacja immunologiczna, chłoniak nieziarniczy, chłoniak T-komórkowy skóry, ciężki przebieg choroby, cytokina Th2, cząsteczka adhezyjna, czynnik angiogenny, czynnik martwicy nowotworów, długie niekodujące RNA, heterogenność wewnątrzguzowa, inhibitor deacetylazy histonowej, limfocyt T CD4+, metylacja DNA, mikroRNA, mutacja somatyczna, naciek limfocytarny, niekodujące RNA, opryszczka pospolita, plazmacytoidalna komórka dendrytyczna, profil cytokinowy, przejście nabłonkowo-mezenchymalne, receptor komórek T, sekwencjonowanie egzomu, sekwencjonowanie nowej generacji, szlak sygnałowy JAK/STAT, toksyna błonicza, transformujący czynnik wzrostu beta, VEGF, wirus limfotropowy komórek T, zaburzenie epigenetyczne, zespół Sézary’ego, ziarniniak grzybiasty - Leksykon chorób i schorzeń
Rak mięśniakomięśniowy – Epidemiologia
Rak mięśniakomięśniowy (RMS) jest najczęstszym mięsakiem tkanek miękkich u dzieci, stanowiąc około 50% wszystkich mięsaków u osób poniżej 20 roku życia, z zapadalnością wynoszącą 4,5-4,7 przypadków na milion dzieci w USA i 5,4 na milion w Europie. RMS charakteryzuje się dwoma szczytami zachorowań: u dzieci w wieku 2-6 lat oraz 10-18 lat, z przewagą zachorowań u chłopców (współczynnik 1,2-1,5:1). Podtyp zarodkowy (embryonal) ma lepsze rokowanie niż pęcherzykowy (alveolar) i pleomorficzny, z 5-letnim przeżyciem odpowiednio 73,9%, 28,9% i 26,6%. Wskaźnik przeżycia 5-letniego u dzieci wynosi około 70%, natomiast u dorosłych jest znacznie niższy (20-30%). Czynniki prognostyczne obejmują wiek, lokalizację i wielkość guza (>5 cm), obecność przerzutów (15-25% przypadków), status fuzji genów PAX3::FOXO1 lub PAX7::FOXO1 oraz odpowiedź na terapię. Przerzuty najczęściej dotyczą płuc, kości, szpiku i węzłów chłonnych, a choroba przerzutowa wiąże się z 3-letnim przeżyciem wolnym od zdarzeń <20%.
badanie obrazowe, biomarker prognostyczny, choroba przerzutowa, ekspozycja na promieniowanie, fuzja genów, guz pierwotny, krążące DNA, lokalizacja guza, mięsak tkanek miękkich, nawrót choroby, nerwiakowłókniakowatość typu 1, podtyp histologiczny, podtyp pęcherzykowy, poradnictwo genetyczne, przerzut, przerzut do płuc, rak mięśniakomięśniowy, resekcja chirurgiczna, sekwencjonowanie egzomu, stadium zaawansowania choroby, stratyfikacja ryzyka, szpik kostny, test przesiewowy, zajęcie szpiku kostnego, zajęcie węzłów chłonnych, zespół Beckwitha-Wiedemanna, zespół Costello, zespół Li-Fraumeni, zespół sercowo-twarzowo-skórny - Leksykon chorób i schorzeń
Ataksja – Diagnostyka i diagnoza
Ataksja to złożone schorzenie neurologiczne charakteryzujące się zaburzeniami koordynacji ruchowej, równowagi i mowy, najczęściej wynikające z uszkodzenia móżdżku lub jego połączeń. Diagnostyka wymaga szczegółowego badania klinicznego, wywiadu oraz szerokiego spektrum badań obrazowych, w tym MRI mózgu, które pozwala na wykrycie zaniku móżdżku, zmian demielinizacyjnych czy guzów. W diagnostyce różnicowej istotne są także badania genetyczne, zwłaszcza w ataksjach dziedzicznych, takich jak ataksja Friedreicha (FA), ataksja-teleangiektazja (A-T) czy ataksja epizodyczna (EA). Testy genetyczne obejmują m.in. wykrywanie ekspansji powtórzeń GAA w genie FXN w FA oraz mutacji w genach EA1 i EA2 w ataksji epizodycznej. Dodatkowo, badania laboratoryjne (np. poziom witaminy B12, alfa-fetoproteiny) oraz elektrodiagnostyczne (EMG, przewodnictwo nerwowe) wspomagają ustalenie przyczyny i wykluczenie innych schorzeń. W ataksji autoimmunologicznej istotne jest wykrywanie autoprzeciwciał, np. przeciwko komórkom Purkiniego czy transglutaminazie tkankowej (tTG).
alfa-fetoproteina, angiografia rezonansu magnetycznego, ataksja, ataksja epizodyczna, ataksja Friedreicha, ataksja glutenowa, ataksja idiopatyczna, ataksja rdzeniowo-móżdżkowa, ataksja-teleangiektazja, badania genetyczne, badanie kliniczne, badanie neurologiczne, badanie przewodnictwa nerwowego, choroba Charcota-Mariego-Tootha, echokardiogram, elektrokardiogram, elektromiografia, immunoassay, immunofluorescencja, móżdżek, nakłucie lędźwiowe, płyn mózgowo-rdzeniowy, porażenie mózgowe, rezonans magnetyczny, sekwencjonowanie egzomu, sekwencjonowanie nowej generacji, stwardnienie rozsiane, tomografia komputerowa, wywiad medyczny - Leksykon chorób i schorzeń
Kardiomiopatia – Diagnostyka i diagnoza
Kardiomiopatie stanowią heterogenną grupę chorób mięśnia sercowego, które wpływają na funkcję pompowania serca i wymagają wielospecjalistycznej diagnostyki obejmującej szczegółowy wywiad, badanie fizykalne, badania laboratoryjne (morfologia, poziom żelaza, funkcje nerek, wątroby, tarczycy, BNP/NT-proBNP, troponiny), obrazowe (echokardiografia, rezonans magnetyczny serca – CMR, RTG klatki piersiowej) oraz inwazyjne (cewnikowanie serca, biopsja endomiokardialna). Echokardiografia pozwala ocenić m.in. grubość ścian serca (≥15 mm w HCM), frakcję wyrzutową (EF <40% w DCM) oraz funkcję skurczową i rozkurczową, natomiast CMR umożliwia dokładniejszą ocenę tkanek, włóknienia i blizn, co jest istotne w stratyfikacji ryzyka nagłego zgonu sercowego. Diagnostyka EKG i monitorowanie Holterem są kluczowe w wykrywaniu zaburzeń rytmu, które często towarzyszą kardiomiopatii, zwłaszcza przerostowej, gdzie EKG jest nieprawidłowe u 95% pacjentów.
amyloidoza, angiografia wieńcowa, arytmia, biopsja mięśnia sercowego, cewnikowanie serca, choroba Fabry’ego, choroba wieńcowa, echokardiografia, elektrokardiogram, frakcja wyrzutowa, hemochromatoza, holter EKG, kardiomiopatia, kardiomiopatia przerostowa, kardiomiopatia restrykcyjna, kardiomiopatia rozstrzeniowa, mięsień sercowy, mikroRNA, morfologia krwi, mutacja genetyczna, nagły zgon sercowy, niewydolność serca, peptyd natriuretyczny, próba wysiłkowa, przegroda międzykomorowa, rezonans magnetyczny serca, scyntygrafia mięśnia sercowego, sekwencjonowanie egzomu, szmer serca, tomografia komputerowa serca, troponina, zaciskające zapalenie osierdzia, zapalenie mięśnia sercowego