sekwencjonowanie Sangera
Sekwencjonowanie Sangera, znane również jako metoda dideoksy lub metoda łańcuchowej terminacji, to technika określania sekwencji nukleotydów w DNA opracowana przez Fredericka Sangera w 1977 roku, za którą otrzymał on Nagrodę Nobla. Metoda ta stanowiła przełom w genetyce molekularnej i przez wiele lat była złotym standardem w sekwencjonowaniu DNA.
Technika opiera się na wykorzystaniu dideoksynukleotydów (ddNTP), które hamują wydłużanie łańcucha DNA podczas syntezy. W procesie tym powstają fragmenty DNA różnej długości, zakończone fluorescencyjnie znakowanymi dideoksynukleotydami. Fragmenty te są następnie rozdzielane elektroforetycznie według wielkości, co pozwala na odczytanie sekwencji nukleotydów.
Sekwencjonowanie Sangera umożliwia odczytanie fragmentów DNA o długości do około 900 par zasad z wysoką dokładnością (99,99%). Mimo rozwoju technik sekwencjonowania nowej generacji (NGS), metoda ta nadal znajduje zastosowanie w diagnostyce molekularnej, w szczególności przy weryfikacji mutacji punktowych, małych insercji i delecji oraz w sekwencjonowaniu krótkich fragmentów DNA.
Powiązane wpisy
- Leksykon chorób i schorzeń
Choroba niemanna-picka – Diagnostyka i diagnoza
Choroba Niemanna-Picka (NPC) to rzadka, autosomalnie recesywna choroba spichrzeniowa lizosomów, charakteryzująca się akumulacją lipidów, w tym sfingomieliny i cholesterolu, w różnych narządach. Diagnostyka opiera się na ocenie klinicznej, badaniach biomarkerów oraz analizie genetycznej, co jest kluczowe dla wczesnej interwencji terapeutycznej. Wczesne objawy obejmują hepatosplenomegalię, a narzędzia takie jak NP-C Suspicion Index (NP-C SI), NPCCSS i SARA wspomagają identyfikację choroby. Biomarkery diagnostyczne różnią się w zależności od typu NPC: w typach A i B ocenia się aktywność kwaśnej sfingomielinazy (ASM) oraz lysosfingolipidy, natomiast w typie C stosuje się oksysterole (np. cholestane-3β,5α,6β-triol), kwasy żółciowe (TCG) oraz N-palmitoilo-O-fosfocholinoserynę (PPCS). Badanie osoczowego TCG jest preferowane ze względu na stabilność i wysoką swoistość. Test filipinowy, choć historycznie złotym standardem, obecnie pełni rolę badania uzupełniającego w diagnostyce NPC.
amniocenteza, badania przesiewowe noworodków, biopsja kosmówki, biopsja szpiku kostnego, cholestaza noworodkowa, choroba Niemanna-Picka, choroba spichrzeniowa lizosomów, dysfagia, fibroblast skóry, gen NPC1, gen SMPD1, gromadzenie lipidów, hepatosplenomegalia, komórki piankowate, kwaśna sfingomielinaza, kwasy żółciowe, miglustat, olipudaza alfa, poradnictwo genetyczne, rezonans magnetyczny, sekwencjonowanie nowej generacji, sekwencjonowanie Sangera, sfingomielina - Leksykon chorób i schorzeń
Zespół retta – Diagnostyka i diagnoza
Zespół Retta to rzadkie, ciężkie zaburzenie neurorozwojowe, występujące głównie u dziewcząt, charakteryzujące się okresem regresji rozwojowej między 6 a 18 miesiącem życia, po początkowym prawidłowym rozwoju. Diagnoza kliniczna opiera się na spełnieniu kluczowych kryteriów, takich jak utrata celowych ruchów rąk, utrata mowy, zaburzenia chodu oraz stereotypowe ruchy rąk, a także na obserwacji spowolnienia wzrostu obwodu głowy prowadzącego do mikrocefalii. Diagnostyka różnicowa obejmuje wykluczenie urazów okołoporodowych, chorób neurometabolicznych oraz innych zaburzeń rozwojowych, takich jak autyzm, zespół Angelmana czy mózgowe porażenie dziecięce. Wspierające objawy to m.in. zaburzenia oddychania, skolioza, bruksizm, nieprawidłowe wzorce snu oraz zmniejszona reakcja na ból. Średni wiek diagnozy wynosi 2,7 roku dla postaci klasycznej i 3,8 roku dla postaci atypowej, co podkreśla potrzebę wczesnej identyfikacji i interwencji.
badanie genetyczne, bruksizm, ceroidolipofuscynoza neuronalna, diagnoza kliniczna, elektroencefalografia, elektrokardiografia, elektromiografia, mikrocefalia nabyta, mikrocefalia wrodzona, MLPA, mózgowe porażenie dziecięce, mutacja MECP2, regresja rozwojowa, rezonans magnetyczny, sekwencjonowanie całego eksomu, sekwencjonowanie nowej generacji, sekwencjonowanie Sangera, skolioza, zaburzenie napięcia mięśniowego, zaburzenie neurorozwojowe, zaburzenie ze spektrum autyzmu, zespół Angelmana, zespół Retta - Leksykon chorób i schorzeń
Ichtyoza – Diagnostyka i diagnoza
Ichtyoza to grupa rzadkich, genetycznych zaburzeń rogowacenia skóry, charakteryzujących się nadmiernym nagromadzeniem zrogowaciałych komórek naskórka, co skutkuje suchą, łuszczącą się skórą o wyglądzie rybiej łuski. Diagnostyka ichtyozy wymaga podejścia multidyscyplinarnego, obejmującego ocenę kliniczną, badania histopatologiczne oraz genetyczne. Typowe formy to ichtyoza pospolita (mutacje w genie FLG, objawy pojawiają się między 3 a 12 miesiącem życia, histologicznie hiperkeratoza i zmniejszona warstwa ziarnista), ichtyoza związana z chromosomem X (deleje lub mutacje w genie STS, objawy od urodzenia, nieregularne zmętnienia rogówki, pogrubiona warstwa rogowa bez parakeratozy) oraz ichtyoza lamelarna (mutacje w genach TGM1, ALOX12B, ALOXE3, NIPAL4, CYP4F22, ABCA12, masywna ortohiperkeratoza i parakeratoza). Diagnostyka molekularna, w tym sekwencjonowanie nowej generacji (NGS), umożliwia identyfikację mutacji w ponad 30 genach, co pozwala na precyzyjną klasyfikację i poradnictwo genetyczne.
akantoza, badanie histopatologiczne, badanie kliniczne, badanie mikroskopowe, biopsja kosmówki, biopsja skóry, chłoniak T-komórkowy, choroba Hodgkina, czerwienica prawdziwa, delecja genu, diagnostyka molekularna, diagnostyka prenatalna, ektropion, filagryna, hiperkeratoza, ichtyoza, ichtyoza epidermolityczna, ichtyoza Harlekin, ichtyoza lamelarna, ichtyoza nabyta, ichtyoza pospolita, mutacja genowa, parakeratoza, pęcherzowe oddzielanie naskórka, płyn owodniowy, poradnictwo genetyczne, przeznaskórkowa utrata wody, sekwencjonowanie nowej generacji, sekwencjonowanie Sangera, sulfataza steroidowa, szpiczak mnogi, terapia genowa, transglutaminaza 1, warstwa ziarnista, zespół mielodysplastyczny - Leksykon chorób i schorzeń
Neurofibromatoza typu 2 – Diagnostyka i diagnoza
Neurofibromatoza typu 2 (NF2), obecnie określana jako NF2-related schwannomatosis (NF2-SWN), to genetyczne schorzenie charakteryzujące się rozwojem mnogich guzów ośrodkowego układu nerwowego, w tym schwannoma nerwu przedsionkowego, oponiaków i wyściółczaków. Diagnostyka opiera się na zaktualizowanych kryteriach, które uwzględniają obecność obustronnych schwannoma nerwu przedsionkowego, identycznej mutacji NF2 w co najmniej dwóch guzach lub kombinacji kryteriów większych i mniejszych (np. jednostronny schwannoma, krewny z NF2, mnogie oponiaki, mnogie schwannoma, wyściółczak, młodzieńcza zaćma). Podstawowe badania diagnostyczne obejmują MRI mózgowia i kręgosłupa z kontrastem, audiometrię, BAER, badania okulistyczne oraz testy genetyczne (NGS, MLPA, sekwencjonowanie Sangera), które wykrywają mutacje NF2 u 72% przypadków sporadycznych i 93% rodzinnych. Szczególną uwagę zwraca się na mozaicyzm, który może powodować fałszywie negatywne wyniki w badaniach genetycznych z krwi obwodowej, co wymaga analizy tkanki guza.
audiometria, badanie audiologiczne, badanie obrazowe, badanie w lampie szczelinowej, czynnik wzrostu śródbłonka naczyniowego, MRI kręgosłupa, MRI mózgowia, mutacja genu NF2, neurofibromatoza typu 1, neurofibromatoza typu 2, NGS, oponiak, ośrodkowy układ nerwowy, plamy café-au-lait, przerzut nowotworowy, rezonans magnetyczny, sarkoidoza, schwannoma nerwu przedsionkowego, schwannoma przedsionkowy, schwannomatosis, sekwencjonowanie nowej generacji, sekwencjonowanie Sangera, utrata heterozygotyczności, VEGF, wyściółczak, zaćma korowa, zaćma podtorebkowa - Leksykon chorób i schorzeń
Albinizm – Rokowania, prognozy i postęp choroby
Albinizm to genetyczne zaburzenie charakteryzujące się całkowitym lub częściowym brakiem melaniny w skórze, włosach i oczach, z częstością występowania około 1:17000. Rokowanie zależy od typu albinizmu oraz dostępu do opieki medycznej; osoby z albinizmem oczno-skórnym (OCA) mają zazwyczaj normalną długość życia, z wyjątkiem zespołu Hermansky’ego-Pudlaka (HPS), który może skracać przeżycie z powodu chorób płuc i zaburzeń krzepnięcia. Pacjenci z albinizmem mają znacznie podwyższone ryzyko nowotworów skóry, zwłaszcza raka kolczystokomórkowego (SCC) i podstawnokomórkowego (BCC), z ryzykiem SCC zwiększonym nawet 1000-krotnie, szczególnie w populacji afrykańskiej. Typowe zaburzenia wzrokowe obejmują zmniejszoną ostrość widzenia, oczopląs, światłowstręt i zeza, z nasileniem różniącym się w zależności od typu OCA (np. OCA I cechuje się cięższymi zaburzeniami niż OCA II). Diagnostyka genetyczna wykazuje skuteczność na poziomie 66% ogólnie, z wyższą wykrywalnością mutacji w OCA (76%) niż w albinizmie ocznym (33%). Najczęściej identyfikowane mutacje dotyczą genów TYR (44%), OCA2 (17%), TYRP1 (1%), SLC45A2 (7%) i SLC24A5 (0,5%).
albinizm, albinizm oczno-skórny, albinizm oczny, badanie dermatologiczne, badanie okulistyczne, diagnostyka genetyczna, dysfagia, melanina, niedorozwój dołka środkowego, nowotwór skóry, oczopląs, ostrość widzenia, poradnictwo genetyczne, promieniowanie UV, rak kolczystokomórkowy, rak podstawnokomórkowy, rak skóry, sekwencjonowanie Sangera, światłowstręt, zaburzenia krzepnięcia, zaburzenia wzroku, zespół deficytu uwagi, zespół Hermansky’ego-Pudlaka, zez