hybrydyzacja genomowa
Hybrydyzacja genomowa to technika biologii molekularnej wykorzystująca zdolność jednoniciowych fragmentów kwasów nukleinowych do tworzenia stabilnych dwuniciowych struktur (hybryd) poprzez komplementarne parowanie zasad. Proces ten stanowi podstawę wielu istotnych metod diagnostycznych i badawczych w genetyce oraz genomice.
W praktyce klinicznej hybrydyzacja genomowa obejmuje różnorodne warianty metodyczne, wśród których szczególne znaczenie ma porównawcza hybrydyzacja genomowa (CGH) oraz fluorescencyjna hybrydyzacja in situ (FISH). Techniki te umożliwiają wykrywanie aberracji chromosomowych, w tym mikrodelecji, mikroduplikacji oraz rearanżacji, które mogą być niewidoczne w klasycznej analizie kariotypu.
Współczesne platformy hybrydyzacji genomowej, takie jak mikromacierze CGH (array-CGH) czy sekwencjonowanie nowej generacji z elementami hybrydyzacji (NGS), pozwalają na wykrywanie zmian genomowych z wysoką rozdzielczością, rzędu kilkudziesięciu par zasad. Znajdują one zastosowanie w diagnostyce prenatalnej, postnatalnej, onkologii molekularnej oraz w badaniach nad podłożem molekularnym chorób genetycznych.
Powiązane wpisy
- Leksykon chorób i schorzeń
Rak gruczołu naczyniówkowego – Etiologia i przyczyny
Rak splotu naczyniówkowego (CPC) to rzadki, złośliwy nowotwór OUN, stanowiący 1-4% nowotworów mózgu u dzieci, głównie poniżej 2. roku życia. Patogeneza CPC wiąże się z mutacjami genu TP53 w około 50% przypadków, gdzie homozygotyczne mutacje korelują z gorszym rokowaniem. Inne zmiany genetyczne obejmują aktywację PDGFR, NOTCH3, mutacje PTEN oraz alteracje BCOR. Profilowanie metylacji DNA pozwala wyróżnić trzy podgrupy nowotworu, z których jedna, występująca u małych dzieci w przestrzeni nadnamiotowej, ma najgorsze rokowanie. CPC jest silnie powiązany z zespołem Li-Fraumeni (około 16,7% przypadków), a także z innymi zespołami genetycznymi, takimi jak Aicardi, zespół predyspozycji do guzów rabdoidalnych i potencjalnie z zespołem Lyncha. Wykryto także obecność DNA wirusów polioma, zwłaszcza SV40 w 50% przypadków, co sugeruje możliwy udział czynników wirusowych w etiologii, szczególnie u dzieci.
apoptoza, ataksja, białko p53, całkowita resekcja guza, chemioterapia adjuwantowa, diplopia, gen PTEN, heterozygotyczna mutacja, hybrydyzacja genomowa, metylacja DNA, metylacja MGMT, mutacja genu TP53, mutacja germinalna, nabłonek splotu naczyniówkowego, nowotwór ośrodkowego układu nerwowego, onkogeneza, płyn mózgowo-rdzeniowy, rak splotu naczyniówkowego, sekwencjonowanie nowej generacji, supresor nowotworów, szlak Notch, wirus SV40, wodogłowie, zespół Li-Fraumeni, zespół Lyncha - Leksykon chorób i schorzeń
Rak nadnerczy – Patofizjologia i mechanizm
Rak nadnerczy (ACC) to rzadki, agresywny nowotwór kory nadnerczy o zapadalności 0,7-2 przypadków na milion rocznie, charakteryzujący się heterogenną prezentacją kliniczną i złym rokowaniem (5-letnie przeżycie 38-46%, mediana 17 miesięcy). Patogeneza ACC wiąże się z licznymi zmianami genetycznymi, w tym inaktywacją genów supresorowych (np. TP53, utrata heterozygotyczności chromosomu 17p13 w 76% przypadków) oraz aktywacją onkogenów (np. nadekspresja IGF2 w 60-90% przypadków, mutacje CTNNB1 aktywujące szlak Wnt/β-katenina). Mutacje TP53 występują somatycznie w 25-35% sporadycznych ACC, a germinalnie w 70-80% przypadków. Zmiany epigenetyczne, takie jak hipermetylacja promotorów genów H19, PLAGL1, G0S2 i NDRG2, korelują ze złym rokowaniem. Indeks proliferacyjny Ki-67 jest kluczowym prognostykiem nawrotu po resekcji, gdzie wartości <10% wiążą się z lepszym przeżyciem. Diagnostyka molekularna obejmuje techniki CGH i analizę mikrosatelitarną, które wykazują korelację między wielkością guza a liczbą zmian chromosomalnych.
czynnik wzrostu śródbłonka naczyniowego, dehydrogenaza bursztynianowa, gen supresorowy nowotworu, guz chromochłonny, hybrydyzacja genomowa, indeks Ki-67, inhibitor kinazy tyrozynowej, insulinopodobny czynnik wzrostu, inwazja naczyń limfatycznych, kompleks Carneya, kora nadnerczy, mikroRNA, mutacja CTNNB1, mutacja TP53, onkogen, polipowatość gruczolakowata, rak kory nadnerczy, rak nadnerczy, szlak cAMP/PKA, szlak PI3K-mTOR, szlak Wnt, szlak Wnt/β-katenina, utrata heterozygotyczności, zespół Cushinga, zespół Li-Fraumeni, zespół Lyncha - Leksykon chorób i schorzeń
Esthesioneuroblastoma – Patofizjologia i mechanizm
Esthesioneuroblastoma (ENB) to rzadki, neuroektodermalny nowotwór złośliwy wywodzący się z niedojrzałych komórek grzebienia nerwowego nabłonka węchowego, stanowiący około 2% guzów zatok przynosowych, z częstością 0,4/milion. Charakterystyczna jest ekspresja genu hASH1 i brak OMP, co potwierdza pochodzenie z niedojrzałych komórek. Genetycznie ENB cechuje się heterogennymi aberracjami chromosomalnymi, w tym amplifikacjami 7q11 i 20q oraz delecjami 2q, 5q, 6p, 6q i 18q. Szczególną uwagę zwraca delecja genu dystrofiny (DMD) w 13/14 próbek, co sugeruje rolę genów dystrofii mięśniowych w patogenezie. Kluczowe szlaki molekularne zaangażowane w rozwój ENB to Sonic Hedgehog (SHH) z ekspresją PTCH1, GLI1 i GLI2 w 65-70% przypadków, receptory kinaz tyrozynowych (c-kit, PDGFR-β, TrkB, EGFR), receptor somatostatynowy, sygnalizacja FGF-FGFR1, szlaki apoptozy (Bcl-2, TRAIL) oraz angiogenezy (VEGF, KDR). Nadekspresja hASH1 aktywuje BCL-2, co wskazuje na potencjał terapii inhibitorami Bcl-2 w agresywnych formach ENB.
angiogeneza, apoptoza, esthesioneuroblastoma, gen HASH1, grzebień nerwowy, hybrydyzacja genomowa, interferencja RNA, mutacja TP53, nabłonek węchowy, naprawa DNA, neuroblastoma węchowy, niestabilność chromosomalna, pochodzenie neuroektodermalne, przerzut odległy, receptor kinazy tyrozynowej, receptor neurotrofiny, receptor somatostatynowy, remodelowanie chromatyny, sekwencjonowanie eksomu, szlak PI3K/AKT/mTOR, szlak Sonic Hedgehog, zatoki przynosowe - Leksykon chorób i schorzeń
Guzy neuroendokrynne – Patofizjologia i mechanizm
Guzy neuroendokrynne (NETs) to heterogeniczna grupa nowotworów wywodzących się z komórek neuroendokrynnych, najczęściej lokalizujących się w przewodzie pokarmowym, trzustce i płucach, stanowiąca około 2% wszystkich nowotworów złośliwych w USA. Klasyfikacja WHO z 2022 roku rozróżnia dobrze zróżnicowane NETs od słabo zróżnicowanych raków neuroendokrynnych (NECs) na podstawie liczby mitoz (na 2 mm²) oraz indeksu Ki-67, co ma istotne znaczenie prognostyczne i terapeutyczne. Patogeneza NETs obejmuje kluczowe szlaki sygnałowe, takie jak PI3K/AKT/mTOR, angiogenezę zależną od VEGF oraz szlaki Notch, Hedgehog i Wnt. W trzustkowych NETs (PNETs) dominują mutacje genów MEN1, ATRX, DAXX, TSC2, PTEN i PIK3CA, a epigenetyczne modyfikacje odgrywają istotną rolę w regulacji wzrostu i progresji guza. Mikrośrodowisko guza, w tym fibroblasty związane z rakiem (CAFs) i makrofagi związane z guzem (TAMs), wpływa na rozwój zwłóknienia i immunosupresję, co ma znaczenie dla odpowiedzi na terapię.
amina biogenna, angiogeneza, choroba von Hippla-Lindaua, fibroblasty związane z rakiem, guz neuroendokrynny, guz neuroendokrynny trzustki, hybrydyzacja genomowa, indeks Ki-67, inhibitor VEGF, krążąca komórka nowotworowa, macierz zewnątrzkomórkowa, makrofagi związane z guzem, naskórkowy czynnik wzrostu, neurofibromatoza typu 1, nowotwór neuroendokrynny, rak neuroendokrynny, rakowiak, serotonina, stwardnienie guzowate, szlak Hedgehog, szlak Notch, szlak PI3K/AKT/mTOR, zespół mnogiej gruczolakowatości wewnątrzwydzielniczej typu 1, zespół rakowiaka - Leksykon chorób i schorzeń
Rak gruczołowy in situ – Patofizjologia i mechanizm
Rak gruczołowy in situ (LCIS) to nieinwazyjna proliferacja atypowych komórek nabłonkowych z utratą lub dysfunkcją E-kadheryny, kluczowego białka adhezji komórkowej. LCIS obejmuje podtypy: klasyczny (C-LCIS), florydny (F-LCIS) i pleomorficzny (P-LCIS), rozwijające się w zrazikach piersi bez naciekania otaczających tkanek. Charakterystyczne są zmiany molekularne, takie jak mutacje genu CDH1 na chromosomie 16q22.1, utrata heterozygotyczności 16q oraz amplifikacja 1q, które są wczesnymi zdarzeniami w progresji do raka inwazyjnego. Immunohistochemicznie LCIS cechuje się utratą ekspresji E-kadheryny oraz nadekspresją p120-kateniny, co odróżnia go od DCIS. Ekspresja receptorów hormonalnych (ER 80-100%) jest powszechna, natomiast amplifikacja HER2 występuje w 0-11% przypadków, częściej w agresywnych podtypach F-LCIS (18%) i P-LCIS (31%). LCIS jest uważany za nieobligatoryjnego prekursora inwazyjnego raka zrazikowego (ILC), z którym dzieli klonalne mutacje CDH1 i zmiany genetyczne, jednak większość zmian LCIS nie ulega progresji do raka inwazyjnego.
aberracja chromosomowa, adhezja komórkowa, amplifikacja HER2, DCIS, E-kadheryna, ekspresja Ki-67, EMT, gen CDH1, hybrydyzacja genomowa, IDC, inwazyjny rak przewodowy, inwazyjny rak zrazikowy, komórka mioepitelialna, LCIS, marker proliferacji, martwica typu comedo, metylacja genu, mutacja CDH1, mutacja PIK3CA, neoplazja zrazikowa, p120-katenina, rak gruczołowy in situ, rak przewodowy in situ, rak zrazikowy in situ, receptor estrogenowy, receptor HER2, receptor progesteronowy, transformacja epitelialno-mezenchymalna, utrata heterozygotyczności, zrazik piersi, zwapnienie