sekwencjonowanie metagenomiczne

Sekwencjonowanie metagenomiczne to technika analizy genetycznej, która umożliwia jednoczesne badanie materiału genetycznego wszystkich mikroorganizmów obecnych w próbce środowiskowej, bez konieczności ich wcześniejszej hodowli. Metoda ta pozwala na identyfikację bakterii, wirusów, grzybów i innych mikroorganizmów bezpośrednio z próbek klinicznych lub środowiskowych.

W przeciwieństwie do tradycyjnych metod diagnostycznych, sekwencjonowanie metagenomiczne dostarcza kompleksowego obrazu całego mikrobiomu, umożliwiając wykrywanie również tych patogenów, których nie podejrzewano lub które są trudne do hodowli. Technika ta znalazła szerokie zastosowanie w diagnostyce chorób zakaźnych, zwłaszcza w przypadkach trudnych do zdiagnozowania infekcji, gdzie standardowe metody nie przynoszą rezultatów.

W medycynie klinicznej sekwencjonowanie metagenomiczne umożliwia szybką identyfikację patogenów odpowiedzialnych za sepsy, zapalenia opon mózgowo-rdzeniowych, infekcje płuc czy inne stany zapalne o niejasnej etiologii. Pozwala również na monitorowanie antybiotykooporności poprzez wykrywanie genów odpowiedzialnych za mechanizmy oporności na leki, co ma kluczowe znaczenie dla optymalizacji terapii przeciwdrobnoustrojowej.

Powiązane wpisy

Leksykon chorób i schorzeń
Biegunka podróżnych – Patofizjologia i mechanizm

Biegunka podróżnych jest najczęściej wywoływana przez bakterie, zwłaszcza enterotoksyczną Escherichia coli (ETEC), odpowiedzialną za 30-50% przypadków, która powoduje sekrecyjną biegunkę poprzez produkcję toksyn termolabilnej (LT) i termostabilnej (ST). Mechanizm patofizjologiczny obejmuje zarówno nieinwazyjne zaburzenia absorpcji i hipersekrecję wody i elektrolitów, jak i inwazyjne uszkodzenie błony śluzowej jelita przez patogeny takie jak Campylobacter, Shigella czy Salmonella, które mogą wywoływać biegunkę z krwią i gorączką. Droga zakażenia jest pokarmowo-kałowa, a czynniki ryzyka to m.in. pierwsza podróż do regionów o niskich standardach sanitarnych, stosowanie leków zmniejszających kwasowość żołądka oraz immunosupresja. Wirusy (norowirusy, rotawirusy) i pasożyty (Giardia lamblia, Cryptosporidium) stanowią mniejszy odsetek etiologii, ale mogą powodować przewlekłe i trudne do leczenia objawy. Najważniejszym powikłaniem jest odwodnienie i zaburzenia elektrolitowe, a także ryzyko rozwoju poinfekcyjnego zespołu jelita drażliwego (PI-IBS), którego ryzyko wzrasta pięciokrotnie po przebytym zakażeniu.
antybiotykoterapia, azytromycyna, biegunka krwista, biegunka podróżna, błona śluzowa jelita, Campylobacter jejuni, ciprofloksacyna, Cryptosporidium, Cyclospora cayetanensis, droga pokarmowo-kałowa, enterotoksyczna Escherichia coli, enterotoksyna, ETEC, fluorochinolony, Giardia lamblia, loperamid, norowirusy, PI-IBS, poinfekcyjny zespół jelita drażliwego, przewód pokarmowy, rifaksymina, rotawirusy, Salmonella, sekwencjonowanie metagenomiczne, shigella, subsalicylan bizmutu, toksyna cholery, toksyna shiga
Leksykon chorób i schorzeń
Zapalenie wsierdzia – Diagnostyka i diagnoza

Zapalenie wsierdzia (endocarditis) to poważne, potencjalnie śmiertelne zapalenie wewnętrznej wyściółki serca, najczęściej obejmujące zastawki. Diagnostyka opiera się na zmodyfikowanych kryteriach Duke’a z 2023 roku, które uwzględniają trzy grupy kryteriów dużych: mikrobiologiczne (np. dodatnie posiewy krwi z typowymi patogenami, utrzymujące się dodatnie posiewy, przeciwciała IgG przeciwko Coxiella burnetii w mianie ≥1:800), obrazowe (typowe zmiany echokardiograficzne, nieprawidłowa aktywność wokół sztucznej zastawki w 18F-FDG PET/CT lub scyntygrafii leukocytów) oraz chirurgiczne (identyfikacja drobnoustrojów w materiale operacyjnym). Kryteria małe obejmują m.in. gorączkę ≥38°C, predysponujące stany serca, zjawiska naczyniowe i immunologiczne oraz wyniki badań laboratoryjnych i obrazowych nie spełniające kryteriów dużych. Posiewy krwi, pobierane w trzech zestawach po 10 ml każda, są kluczowe i dodatnie w ponad 90% przypadków, jednak ujemne posiewy (2,5-31%) często wynikają z wcześniejszej antybiotykoterapii lub zakażeń trudnych do hodowli (HACEK, Coxiella, Bartonella). Diagnostyka uzupełniana jest badaniami laboratoryjnymi (morfologia, CRP, OB, czynnik reumatoidalny, serologia) oraz multimodalnym obrazowaniem: echokardiografia przezklatkowa (TTE, czułość ~65%) i przezprzełykowa (TEE, czułość 90-100%), tomografia komputerowa 4D CT, 18F-FDG PET/CT oraz scyntygrafia leukocytarna, a także MRI mózgu i serca.
18F-FDG PET/CT, anemia, badanie histopatologiczne, badanie serologiczne, bakterie HACEK, bartonella, białko C-reaktywne, Coxiella burnetii, czynnik reumatoidalny, echokardiografia przezklatkowa, echokardiografia przezprzełykowa, gorączka, guzki Oslera, kłębuszkowe zapalenie nerek, krwinkomocz, krwotok podspojówkowy, krwotok wewnątrzczaszkowy, kryteria Duke’a, niedomykalność zastawki, odczyn Biernackiego, plamki Rotha, posiew krwi, pseudotętniak, reakcja łańcuchowa polimerazy, rezonans magnetyczny, ropień, sekwencjonowanie metagenomiczne, tętniak mykotyczny, tomografia komputerowa, wegetacja, zapalenie wsierdzia, zapalenie wsierdzia zastawek natywnych, zapalenie wsierdzia zastawek sztucznych, zator tętniczy, zmiany Janewaya, zwężenie zastawki
Leksykon chorób i schorzeń
Biegunka podróżnych – Diagnostyka i diagnoza

Biegunka podróżnych (TD) dotyka 40-60% osób podróżujących do krajów o niskich standardach sanitarnych i definiowana jest jako ≥3 nieuformowane stolce/24h z objawami towarzyszącymi (nudności, wymioty, ból brzucha, gorączka >39°C, krew w stolcu) pojawiającymi się podczas podróży lub do 10 dni po powrocie. Diagnostyka opiera się na szczegółowym wywiadzie (charakter stolca, czas wystąpienia, lokalizacja podróży, stosowane leki, objawy odwodnienia) oraz badaniu fizykalnym (ocena nawodnienia, bolesność brzucha). W większości przypadków o łagodnym przebiegu nie jest konieczna diagnostyka laboratoryjna, jednak wskazania do badań obejmują ciężki przebieg, krwiste stolce, gorączkę >39°C, przedłużającą się biegunkę (>14 dni), brak odpowiedzi na leczenie, immunosupresję lub hospitalizację. Diagnostyka laboratoryjna obejmuje posiew stolca, testy PCR, testy immunoenzymatyczne, badanie mikroskopowe oraz testy na toksyny Clostridioides difficile, szczególnie u pacjentów z przewlekłą biegunką lub po antybiotykoterapii.
badanie biochemiczne krwi, badanie endoskopowe, badanie fizykalne, badanie histopatologiczne, badanie laboratoryjne, badanie mikroskopowe, biegunka krwista, biegunka podróżnych, ból brzucha, bolesność uciskowa, Campylobacter, celiakia, choroba Leśniowskiego-Crohna, Cryptosporidium, Cyclospora cayetanensis, diagnostyka laboratoryjna, Entamoeba histolytica, Giardia lamblia, krew w stolcu, marker stanu zapalnego, morfologia krwi, multipleksowy test PCR, nietolerancja laktozy, posiew stolca, reakcja łańcuchowa polimerazy, Salmonella, sekwencjonowanie metagenomiczne, shigella, skurcz brzucha, test immunoenzymatyczny, test PCR, toksyna Clostridioides difficile, tomografia komputerowa, wrzodziejące zapalenie jelita grubego, yersinia

sekwencjonowanie metagenomiczne

Powiązane wpisy

Biegunka podróżnych – Patofizjologia i mechanizm

Zapalenie wsierdzia – Diagnostyka i diagnoza

Biegunka podróżnych – Diagnostyka i diagnoza