elektroforeza pulsacyjna
Elektroforeza pulsacyjna (PFGE – Pulsed-Field Gel Electrophoresis) to zaawansowana technika laboratoryjna stosowana w diagnostyce molekularnej, która umożliwia rozdzielanie dużych fragmentów DNA (od 10 kb do kilku Mb). W przeciwieństwie do standardowej elektroforezy, wykorzystuje ona zmienne pole elektryczne (pulsacyjne), co pozwala na efektywną separację dużych cząsteczek DNA, które w konwencjonalnej metodzie pozostawałyby nierozdzielone.
Metoda ta znalazła szerokie zastosowanie w epidemiologii molekularnej, gdzie służy do genotypowania i identyfikacji szczepów bakteryjnych podczas dochodzeń epidemiologicznych. Jest uznawana za złoty standard w typowaniu molekularnym patogenów takich jak Salmonella, Listeria monocytogenes czy MRSA. Umożliwia rozróżnianie między izolatami tego samego gatunku, co ma kluczowe znaczenie w śledzeniu źródeł zakażeń i dróg transmisji patogenów.
Technicznie, proces PFGE obejmuje izolację DNA bakteryjnego, trawienie enzymami restrykcyjnymi, a następnie rozdzielanie fragmentów w żelu agarozowym pod wpływem zmieniającego się pola elektrycznego. Kierunek pola elektrycznego jest regularnie zmieniany (pulsowany), co zmusza duże fragmenty DNA do ciągłej reorientacji, umożliwiając ich efektywne rozdzielenie. Otrzymany wzór prążków (fingerprint) jest charakterystyczny dla danego szczepu bakteryjnego.
Mimo pojawienia się nowszych technik sekwencjonowania, elektroforeza pulsacyjna pozostaje ważnym narzędziem w laboratoriach mikrobiologicznych, szczególnie w monitorowaniu zakażeń szpitalnych i wykrywaniu ognisk epidemicznych. Jest metodą o wysokiej rozdzielczości, powtarzalności i względnie niskich kosztach w porównaniu do sekwencjonowania całego genomu.
Powiązane wpisy
- Leksykon chorób i schorzeń
Zakażenie gronkowcowe – Diagnostyka i diagnoza
Diagnostyka zakażeń gronkowcowych opiera się na kompleksowej ocenie klinicznej oraz szerokim spektrum metod mikrobiologicznych i molekularnych. Podstawą jest dokładny wywiad i badanie fizykalne, zwłaszcza w przypadku zmian skórnych, ropni czy cellulitis, gdzie charakterystyczne objawy ułatwiają wstępne rozpoznanie. Złotym standardem pozostaje posiew bakteryjny z materiału biologicznego (np. wymaz z rany, krew, płyn stawowy), hodowany na podłożach takich jak agar krwawy czy manitolowo-solny, z inkubacją 24-48 godzin w 37°C. Identyfikacja gatunku i cech wirulencji obejmuje testy koagulazy, katalazy, DNazy oraz testy oporności, w tym wykrywanie MRSA metodą dyfuzyjno-krążkową z cefoksytyną (30 μg), gdzie strefa zahamowania ≤ 21 mm wskazuje na szczep oporny. Nowoczesne techniki molekularne, takie jak PCR, real-time PCR, PNA FISH (czułość 99,5%) oraz metody typowania molekularnego (MLST, PFGE), umożliwiają szybką i precyzyjną identyfikację patogenu oraz genów oporności, co jest kluczowe w dobie narastającej antybiotykooporności.
agar krwawy, antybiogram, bakteriemia gronkowcowa, czyrak, elektroforeza pulsacyjna, gronkowiec koagulazoujemny, infekcyjne zapalenie wsierdzia, liszajec zakaźny, MRSA, PCR, posiew bakteryjny, preparat bezpośredni, reakcja łańcuchowa polimerazy, ropień, scyntygrafia kości, SSSS, Staphylococcus aureus, staphylococcus epidermidis, TEE, TTE, typowanie sekwencji multilokusowych, zakażenie gronkowcowe, zapalenie kości, zapalenie tkanki łącznej, zatrucie pokarmowe, ziarenkowce Gram-dodatnie