typowanie sekwencji multilokusowych
Typowanie sekwencji multilokusowych (MLST – Multilocus Sequence Typing) to technika molekularna wykorzystywana w epidemiologii do określania pokrewieństwa między szczepami bakteryjnymi. Metoda opiera się na analizie sekwencji kilku (zwykle 5-7) genów metabolizmu podstawowego (housekeeping genes), które są obecne u wszystkich izolatów danego gatunku.
W procedurze MLST każdy gen zostaje zsekwencjonowany, a unikalnym wariantom alleli przypisuje się numery. Kombinacja numerów alleli dla wszystkich analizowanych genów tworzy profil alleliczny, który definiuje typ sekwencyjny (ST) danego izolatu. Dzięki temu można śledzić rozprzestrzenianie się określonych klonów bakteryjnych w środowisku oraz identyfikować źródła zakażeń.
Zaletą MLST jest wysoka powtarzalność wyników, możliwość porównywania danych między laboratoriami oraz istnienie międzynarodowych baz danych zawierających profile alleliczne. Metoda ta jest szczególnie przydatna w dochodzeniach epidemiologicznych dotyczących patogenów takich jak Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae czy Escherichia coli. Obecnie, wraz z rozwojem sekwencjonowania całogenomowego (WGS), powstają nowsze wersje tej techniki, jak cgMLST (core genome MLST) oferujące jeszcze wyższą rozdzielczość typowania.
Powiązane wpisy
- Leksykon chorób i schorzeń
Cyklosporoza – Diagnostyka i diagnoza
Cyklosporoza, wywoływana przez pasożyta Cyclospora cayetanensis, stanowi wyzwanie diagnostyczne ze względu na przerywane wydalanie oocyst i ich niską liczebność w kale, co wymaga pobrania kilku próbek (optymalnie trzech) w odstępach 24-48 godzin oraz zastosowania specjalistycznych technik, takich jak koncentracja kału (np. formalno-octanowa, wirowanie 10 minut przy 500 x g), barwienia zmodyfikowanymi metodami kwasoopornymi lub safraninem, a także mikroskopii fluorescencyjnej UV (filtry wzbudzenia 330-365 nm lub 450-490 nm). Diagnostyka molekularna, w tym PCR i nested PCR celujący w gen 18S rRNA, oraz komercyjne panele multiplex (np. FilmArray BioFire) zwiększają czułość i swoistość wykrywania, choć nie wszystkie panele zawierają cel diagnostyczny dla Cyclospora. W przypadkach negatywnych wyników mikroskopowych, ale silnego podejrzenia klinicznego, wskazane jest rozważenie biopsji jelita cienkiego, aspiratu dwunastniczo-czczo-jelitowego lub endoskopii z pobraniem próbek do analizy mikroskopowej i molekularnej.
badanie molekularne, biopsja jelita cienkiego, Cyclospora cayetanensis, cyklosporoza, cytometria przepływowa, endoskopia, koncentracja kału, mikroskopia fluorescencyjna, nested PCR, pasożyt, przewlekła biegunka, reakcja łańcuchowa polimerazy, region endemiczny, trimetoprim-sulfametoksazol, typowanie sekwencji multilokusowych - Leksykon chorób i schorzeń
Zakażenie gronkowcowe – Diagnostyka i diagnoza
Diagnostyka zakażeń gronkowcowych opiera się na kompleksowej ocenie klinicznej oraz szerokim spektrum metod mikrobiologicznych i molekularnych. Podstawą jest dokładny wywiad i badanie fizykalne, zwłaszcza w przypadku zmian skórnych, ropni czy cellulitis, gdzie charakterystyczne objawy ułatwiają wstępne rozpoznanie. Złotym standardem pozostaje posiew bakteryjny z materiału biologicznego (np. wymaz z rany, krew, płyn stawowy), hodowany na podłożach takich jak agar krwawy czy manitolowo-solny, z inkubacją 24-48 godzin w 37°C. Identyfikacja gatunku i cech wirulencji obejmuje testy koagulazy, katalazy, DNazy oraz testy oporności, w tym wykrywanie MRSA metodą dyfuzyjno-krążkową z cefoksytyną (30 μg), gdzie strefa zahamowania ≤ 21 mm wskazuje na szczep oporny. Nowoczesne techniki molekularne, takie jak PCR, real-time PCR, PNA FISH (czułość 99,5%) oraz metody typowania molekularnego (MLST, PFGE), umożliwiają szybką i precyzyjną identyfikację patogenu oraz genów oporności, co jest kluczowe w dobie narastającej antybiotykooporności.
agar krwawy, antybiogram, bakteriemia gronkowcowa, czyrak, elektroforeza pulsacyjna, gronkowiec koagulazoujemny, infekcyjne zapalenie wsierdzia, liszajec zakaźny, MRSA, PCR, posiew bakteryjny, preparat bezpośredni, reakcja łańcuchowa polimerazy, ropień, scyntygrafia kości, SSSS, Staphylococcus aureus, staphylococcus epidermidis, TEE, TTE, typowanie sekwencji multilokusowych, zakażenie gronkowcowe, zapalenie kości, zapalenie tkanki łącznej, zatrucie pokarmowe, ziarenkowce Gram-dodatnie