Zespół ekspertów w dziedzinie immunologii i informatyki z Uniwersytetu w Stranford opracował charakterystyczny schemat w ekspresji genów, który odróżnia ludzi narażonych na infekcję wirusową od tych bardziej zagrożonych zakażeniem bakteryjnym. Zespół zidentyfikował także bardziej specyficzny wzór, który może odróżnić grypę od innych wirusowych infekcji układu oddechowego.


Grupa badaczy zidentyfikowała 396 ludzkich genów, których ekspresja zmienia się w zależności od obecności czy braku infekcji wirusowej. Wzór zmian, które badacze nazwali "podpisem meta-wirusowym" różni się od wzorca ekspresji u zdrowych ludzi lub u ludzi narażonych na infekcje bakteryjne. Meta-wirusowy podpis ekspresji genów jest także obecny u ludzi, którzy nie mają wyraźnych objawów zakażenia.


W pracy opublikowanej 15 grudnia w Immunity, autorzy opisali także drugi wzór ekspresji genów, który uruchamia się, gdy dana osoba jest zakażona wirusem grypy. Podpis meta-grypy polega na zmianie ekspresji około 11 genów, co odróżnia go od innych infekcji wirusowych, a także infekcji bakteryjnych. Dzięki niemu można zidentyfikować infekcję wirusem grypy zanim pojawią się jej objawy, a także określić, czy dana osoba wytworzy odporność po otrzymaniu szczepionki przeciwko grypie. Celem badaczy było opracowanie leków przeciwwirusowych o szerokim spektrum działania. Na podobnej zasadzie można by opracować leki przeciwko innym patogenom, np. wirusom dengi.


Pierwszym etapem analizy było poszukiwanie ogólnych zmian w ekspresji genów w odpowiedzi na zakażenie. W próbkach krwi uzyskanych od 205 ochotników z objawami przeziębienia, najczęściej zakażonych wirusem grypy lub RSV (respiratory-syncytial virus) zespół znalazł 396 genów, których ekspresja zmieniła się w ten sam sposób podczas każdego rodzaju zakażenia - obserwowano wzrost ekspresji 161 genów oraz spadek ekspresji 253 z nich. Następnie poszukiwano tego samego wzoru ekspresji u 2 939 ochotników w komórkach krwi i próbkach z innych tkanek. Były to osoby zdrowe oraz zakażone różnymi czynnikami chorobotwórczymi, takimi jak wirusy SARS, adeno- i enterowirusami, a także bakteriami - Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae i Salmonella. Zespół badaczy zaobserwował identyczne zmiany w ekspresji genów u wszystkich pacjentów z infekcjami wirusowymi.


Meta-wirusowy podpis jest obecny nie tylko u osób z aktywną infekcją, występuje także podczas okresu inkubacji zakażenia. Podczas badania próbek krwi pobieranych z dużą częstotliwością - co 8 godzin przez 5 dni - zespół określił, że zmiany w ekspresji genów zaczynają się pojawiać do 24 godzin przed wystąpieniem pierwszych objawów. Te same dane pokazały, że najpierw dochodzi do ekspresji genów charakterystycznych dla całej grupy wirusów, a następie po kilku godzinach pojawiają się sygnały infekcji określonym wirusem, w tym wypadku grypy. Oznacza to, że na początku nasz organizm uruchamia reakcję układu odpornościowego ogólną dla wszystkich wirusów, po czym następuje reakcja specyficzna w odpowiedzi na konkretnego wirusa.


Założenie zespołu jest takie, by opracować pożyteczny z punktu widzenia test, który pomoże w precyzyjny sposób odróżnić infekcje wirusowe od bakteryjnych i określić, czy trzeba stosować antybiotykoterapię.


Wyniki badań pomogą także określić, czy zaszła skuteczna odpowiedź na szczepionkę. Celem szczepienia jest wytworzenie samej odpowiedzi układu odpornościowego na patogen bez wystąpienia objawów. Okazało się, że wszyscy ochotnicy z pozytywną odpowiedzią na szczepienie wykazywali ekspresję tych samych 11 genów związanych z zakażeniem wirusem grypy, natomiast Ci, którzy nie odpowiedzieli na szczepienie nie wykazali ekspresji tych genów. Do tej pory nie przypuszczano, że układ odpornościowy jednakowo odpowiada na infekcję jak i na szczepienie.


Więcej na: sciencedaily.com